Choć magazyn czasowego składowania i skład celny są oba miejscami przechowywania towarów, istnieje między nimi kilka istotnych różnic. Główną różnicą jest czas przechowywania towarów. W magazynie czasowego składowania towary można przechowywać maksymalnie przez 90 dni, podczas gdy w składzie celnym towar można składować bezterminowo.
Kolejną ważną różnicą jest zakres czynności, które można wykonywać na przechowywanym towarze. W magazynie czasowego składowania nie wolno wykonywać żadnych operacji naprawczych ani żadnych działań, które mogłyby prowadzić do zmiany wyglądu lub właściwości technicznych towarów. Natomiast w składzie celnym można przeprowadzać procedury naprawcze, takie jak nanoszenie certyfikatu CE, naklejanie etykiet czy uzupełnianie deklaracji zgodności.